ArcPy可以批量嵌入多个脚本工具的代码并设置密码吗？

可以考虑使用Python工具箱 代替脚本工具。
 
Python 工具箱是完全使用 Python 语言创建的地理处理工具箱。 Python 工具箱及其所包含工具的外观、操作和运行方式与任何以其他方式创建的工具箱和工具类似。 Python 工具箱是一个具有 .pyt 扩展名的 Python 文件，用于定义工具箱以及一个或多个工具。